Siamo nel 2050 e la Polizia utilizza una nuova tecnica per risolvere i casi di omicidio: si entra nei ricordi del cadavere in modo da scoprire chi è stato ad ammazzarlo. Il procedimento però è altamente rischioso per la sanità mentale della persona che viola il cervello del morto, dato che potrebbe portarlo alla follia. Himitsu - The Top Secret è la storia del laboratorio n° 9 della Polizia che fa queste indagini e s'imbatte in strani fenomeni soprannaturali.
