«Cyborg 009» è il lavoro di una vita del maestro Shotaro Ishinomori, che non riuscirà però a completarlo. A ereditarne la volontà sono stati gli assistenti e lo scrittore Joe Onodera, colui che ha ricevuto le idee per la realizzazione dei capitoli conclusivi direttamente dal maestro. Ha così inizio l'ultima grandiosa battaglia dei guerrieri cyborg!