Sono passati mille anni da quando l'umanità ha iniziato a chiamare "Aion" l'insieme delle aree in cui si è espansa. Tutti gli Stargate sono sotto il dominio dell'organizzazione chiamata "Gatekeepers di Aion". Lysja, principe degli ormai estinti Regni Uniti di Zaysion, scopre la vera identità di una batteria usata sulle navi dell'esercito incontrata per caso: essa è infatti l'androide Zelphy, che l'esercito vuole distruggere!