Wunderwaffen presenta è pronta a trasportare nuovamente il lettore in una realtà alternativa: le fazioni in guerra tra loro cercano di predominare sulle altre attraverso l'utilizzo delle "armi miracolose" attribuite al Terzo Reich dalla propaganda tedesca coniata durante la Seconda guerra mondiale. In questo albo, missioni segrete e servizi di intelligence cercano di minare alle basi i progetti degli avversari.