In un Giappone in rovina, abbandonato da più di due secoli, Leon e il suo gruppo di soldati d'élite devono recuperare un'arma misteriosa, dal potenziale distruttivo tale che il mondo ha preferito seppellire l'arcipelago giapponese sotto una pioggia di bombe piuttosto che vederne completato lo sviluppo. Lo sbarco però fallisce e Leon si ritrova da solo nella baia di Tokyo. Affamato, allo stremo delle forze e con solo una tuta anti-radiazioni per proteggersi, il soldato disperso scopre subito che la città non è deserta come previsto... Leon e Doudou devono raggiungere Sado. Tsugumi non vuole accompagnarli perché il solo nome di quel luogo la terrorizza, ma una discussione con Satake e il timore che quest'ultima possa attaccare gli umani la spinge a rivedere i suoi piani... Eppure la grande scimmi con le zampe d'uccello non sembra avere cattive intenzioni, accorrendo addirittura in loro soccorso in seguito a un agguato! Poco dopo, il piccolo gruppo viene approcciato da un altro personaggio misterioso, un certo Woodoo, che dice di essere un mercante ambulante... che si tratti di una trappola?