Non si immaginava, all'inizio del progetto, di incrementare così tanto la conoscenza di queste opere di Raffaello, già da tempo e profondamente indagate; e ciò sebbene siano state applicate le metodologie più innovative nell'ambito delle indagini diagnostiche non invasive, la Macro X-Ray Fluorescence e la scansione di imaging iperspettrale, capaci di entrare dentro l'opera in maniera assai più potente e dettagliata rispetto al passato e di farci scoprire metodi e tecniche dell'azione creativa dell'artista. Il restauro ha ridato luce alla superficie della Deposizione ma soprattutto ha previsto un trattamento inedito del supporto, tra artigianato sapiente e alta tecnologia, ora capace di trasmetterci costantemente informazioni sul proprio stato fisico e meccanico in rapporto alle condizioni ambientali, un caso esemplare di conservazione programmata. Le indagini storico-critiche hanno infine svelato aspetti particolari, inconsueti o meno noti, esplorando, anche in questo caso, oltre l'immagine.
